Костадин Костадинов е член на Управителния комитет на Стратегическа програма „Развитие на научните изследвания и иновациите в Тракийския университет в областта на здравето и устойчивото благосъстояние" от февруари 2023 г. и водещ изследовател R4 в проекта за сдружаване H2START по програма Horizon Europe.
Той е професор д-р инж. по роботика и мехатроника в Българската академия на науките от януари 2012 г. Основната му научна област е роботиката с приложение в производството, микро- и нанотехнологиите, биологията и други, както и трансферът на технологии и иновациите. Професионалните му резултати включват над 110 публикации и 27 патента. Той е старши член на IEEE и ръководител на екип в множество научноизследователски проекти, финансирани от Рамковите програми на ЕС FP4, FP6, FP7, H2020 и HE, както и от DFG и Националния научен фонд на България. Текущият му проект е HE № 101086226 „Emerging nanoscopy for single entity characterisation" (2023–2027).
Проф. Костадинов е учредител и председател на Управителния съвет на фондация GIS-Transfer Center, която подпомага трансфера на технологии и иновациите. Д-р Костадинов е член на Асоциацията на специалистите по трансфер на наука и технологии (ASTP). Проф. Костадинов е бил координатор на Експертния съвет „Наука, технологии и иновации" към кмета на София от юни 2012 г. до октомври 2023 г. и съветник на Общинския гаранционен фонд (2016–2020 г.).
Проф. Костадинов е национален делегат в конфигурациите на Програмния комитет на Horizon Europe:
Клъстер 5 – Климат, енергетика и мобилност;
ЕИС и европейски иновационни екосистеми;
Изследователски инфраструктури.
Той е бил заместник-министър в Министерството на образованието и науката (12 ноември 2014 г. – 30 март 2016 г.), съветник на министъра на образованието и науката по въпросите на науката и иновациите (6 юни 2017 г. – 12 май 2021 г.), научен секретар на Българската академия на науките и член на нейния Управителен съвет (4 ноември 2008 г. – 12 февруари 2013 г.), отговарящ за направление „Информационни и комуникационни науки и технологии" и за трансфера на технологии и иновациите.
Д-р Костадинов е удостоен с наградите „Питагор" 2010 г. за изключителен принос в инженерните науки, „Златна ябълка" 2014 г. за изключителни постижения в областта на трансфера на знания и технологии, „Изобретател на годината" 2015 г. в България, „Питагор" 2016 г. за изключителен принос в оползотворяването и комерсиализацията на научни резултати, както и с вписване в Златната книга на Патентното ведомство през 2022 г. Съосновател е на два технологично ориентирани стартиращи предприятия, базирани на продукти с интелектуална собственост.