Емануил Влахояннис е дългогодишен стълб на Търговско-промишлената палата на Солун (ТППС/ΕΒΕΘ), с кариера в служба на институцията, обхващаща близо четири десетилетия. За първи път е избран за член на Съвета на директорите на ТППС през декември 1987 г., след което последователно заема длъжностите финансов контрольор (1988–1993 г.), генерален секретар (1993–1997 г.), втори вицепрезидент (1997–2006 г.) и първи вицепрезидент от юни 2006 г. нататък. Извън самата Палата той е заемал и длъжността първи вицепрезидент на Асоциацията на търговците на Солун, вицепрезидент на Гръцкия бизнес съвет към ОСЕП и втори вицепрезидент на Гръцката камарна транспортна асоциация (EESYM).
През януари 2025 г. Влахояннис е удостоен с историческо отличие. Той е почетен с титлата почетен президент на Търговско-промишлената палата на Солун — отличие, което никога преди не е било присъждано в цялата история на Палатата от основаването ѝ през 1914 г. — и е награден със Златния медал на Палатата в признание на безценния му принос към институцията и бизнес общността. Той е представлявал ТППС и в Гръцкия национален комитет на Международната търговска камара (ICC Hellas), както и в Съвета на директорите на Международния панаир в Солун (TIF-HELEXPO), а от 2011 г. е избиран за член на Генералния съвет на Световната федерация на камарите (ICC–WCF).