Преди да бъде назначен за председател на Европейската инвестиционна банка (ЕИБ) през 2012 г., Хойер заема длъжността държавен министър във федералното Министерство на външните работи на Германия от 1994 до 1998 г. и след това от 2009 до 2012 г. По време на втория си мандат като държавен министър той е официалният представител на Германия, отговарящ за германско-френските отношения. Хойер приключи мандата си като председател на ЕИБ на 31 декември 2023 г.
Той е член на Бундестага от 1987 г., като е служил като главен секретар на парламентарната група (chief whip) от 1989 до 1993 г. и е бил говорител на своята партия по въпросите на политиката за сигурност от 1990 до 1994 г. От 2002 до 2009 г. е заместник-председател на парламентарната група на Свободната демократическа партия (FDP) в Бундестага.
В периода между 2005 и 2009 г. той е заемал и поста заместник-председател на германско-американската парламентарна група за приятелство. Вернер Хойер е доктор по икономика от Кьолнския университет, където започва кариерата си като старши научен сътрудник по икономика. Става хоноруван лектор по външна търговия, преди да премине в дружеството „Карл Дуисберг“ като директор на отдел „Икономика и информация“.