След обучение по търговско и финансово право Пиер Мутарлие започва кариерата си като данъчен адвокат в адвокатската кантора Francis Lefebvre Bureau, преди да се присъедини към Европейската комисия през 1993 г.
През следващите десетилетия той заема редица длъжности, като започва работа в Генерална дирекция „Данъчно облагане и митнически съюз“ (DG TAXUD) и Генерална дирекция „Бюджет“ (DG BUDG). През 2003 г. преминава в Генерална дирекция „Предприятия и промишленост“ (DG ENTR), където ръководи звеното за стратегическо планиране, а впоследствие отговаря за създаването на програмата „Коперник“ – европейската програма на ЕС за наблюдение на Земята.
По-късно е експерт в кабинета на комисаря Алгирдас Шемета (данъчна политика, 2010–2014 г.), след което заема висша директорска позиция в Генерална дирекция „Данъчно облагане и митнически съюз“, отговаряйки за преките данъци и икономическия анализ.
През декември 2019 г. той става началник на кабинета на комисаря по вътрешния пазар Тиери Бретон, където придобива задълбочен опит в политиките на ЕС, свързани с индустрията, цифровите технологии, отбраната и единния пазар. След период като старши съветник в Генерална дирекция „Данъчно облагане и митнически съюз“, през октомври 2025 г. е назначен за заместник-генерален директор по европейската индустрия и декарбонизацията в Генерална дирекция „Вътрешен пазар, промишленост, предприемачество и МСП“ (DG GROW).
Той има над 35 години професионален опит, повече от 30 от които в Европейската комисия.